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WGS基础流程

本文内容: WGS基础流程 WGS文件流 WGS文件格式 WGS基础流程大体上分为三步: 原始数据质控 数据预处理 变异检测 具体一些的流程参考下面的流程图 WGS文件流我自己整理了一个思维导图: 荧光黄加双方框:步骤名称 淡红色方块:输入文件 荧光黄方块:输出文件 黑色方框:软件 灰色方框:软件的模块 WGS文件格式本节介绍的文件格式: fastq fasta bam &...

孟德尔随机化笔记

这是一份双样本孟德尔随机化(MR)的代码实操笔记,在这里你可以了解如何用R,在自己的电脑上判断一下两个表型之间是否具有潜在的因果关系。因为是刚刚接触MR,难免有不准确之处,本文仅作参考。 1,获取数据 现存 GWAS 数据样本大多为欧洲样本,少量其他样本 关键要点:暴露与结局数据不存在或存在少量可接受范围内的样本重叠 必须数据(snp || p || effect_allele ||...